STIKes Hafshawaty Pesantren Zainul Hasan menyediakan beberapa pilihan program studi yang dapat ditempuh oleh calon mahasiswa, diantaranya:
| NO | PROGRAM STUDI | Jenjang | Akreditasi |
| 1 | Keperawatan | Diploma 3 | Baik Sekali |
| 2 | Keperawatan | Sarjana | Baik Sekali |
| 3 | Kebidanan | Sarjana | Baik |
| 4 | Farmasi | Sarjana | * |
| 5 | Bisnis Digital | Sarjana | * |
| 6 | Ilmu Keolahragaan | Sarjana | * |
| 7 | Pendidikan Kepelatihan Olahraga | Sarjana | * |
* Dalam Proses Akreditasi